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该片记录了行动者谭作人在2008年四川特大地震后协助受害者家庭进行的维权调查工作，及其在此过程中遇到的各种阻力和压力。 2008年8月下旬，“5.12”四川地震百日祭后，救援部队开始撤出，媒体不再报道，许多家庭依旧没有得到令人满意的答复。政府发布的信息前后矛盾、内外有别，有意隐瞒公众，2008年冬，成都环保工作者谭作人与谢贻卉和当地志愿者在当地展开“5.12”遇难者独立公民调查。他们认为，真实可靠的消息只能来自直接利益相关人——家长群体。他们在社区奔走，寻找校舍垮塌原因，记录当地居民经历，统计受害人数。 谭作人和谢贻卉在主灾区10个县市80多个乡镇跋涉，累计行程3000公里，终于在“5.12”周年祭前，通过网络发出调查报告，这是有关川震校难的第一份公民独立调查报告。 谭作人说，“我也预计我这个文章发表以后，很可能就是给我抓起来，判个三年五年，我做好了足够的思想准备，就是在这样一个世界大灾难面前，如果没有人出来说话，大家都是缩头乌龟的话，我想这三年五年，我跟大家不见面好一点。“ 如同谭作人自己所预料的一样，2009年3月28号，他被成都公安拘捕，理由是他曾公开发表有关“六四”的文章。2010年2月9号，成都巿中级人民法院以“煽动颠覆国家政权罪”判谭作人5年监禁、剥夺政治权利3年。 谭作人被捕之后，北京艺术家艾未未发起进一步公民行动，新的志愿者来到四川，收集遇难学生名单。该片跟随他们的脚步，记录了他们的动机、决心，以及遇到的种种阻碍。 艾未未表示，只有两种可能他会停下这个调查，一种是他不在了，一种是名单完成了。

本片记录了发生在2008年5.12四川大地震前后的故事中。讲述者主要是遇难学生的父母，其间也穿插了传媒工作者、独立学者、网络作家、地质专家、环保和法律工作者的评述。他们从不同的角度表达对川震的看法。

这部纪录片中，制片人艾晓明和志愿者谢贻卉探访了2008年四川大地震遇难学生的家长，寻找着北川中学施工图知情人。这部纪录片呈现了地震游的兴起，记录了志愿者、遇难家长和观光客在周年祭的心理状态。影片中穿插了家长2008年拍摄的北川中学教学楼取样视频史料、建筑师朱涛对施工图和教学楼质量的分析、以及母亲、老师、摄影师的观感。

该片讲述谭作人和艾未未的故事。2009年7月，四川环保工作者谭作人被控“煽动颠覆国家政权罪”，案件在成都一审开庭。北京艺术家艾未未应律师之邀出庭作证，开庭前一晚却遭警方骚扰并被控制在宾馆不能出庭。艾未未在警察进入房间之间打开了摄像机，得以记录下当时的情况。后来艾未未团队制作并发布了关于这一事件的纪录片《老妈蹄花》。《花儿为什么这样红》采访了《老妈蹄花》的幕后人物，包括导演、摄影师、剪辑师，以及该片的观众，记录下当时公民和国家的关系。